Tabiiy jarayonlar atmosfera va okeanlardan uglerodni ajratib olishning bir qancha usullari mavjud. O'simliklar va boshqa turdagi o'simliklar (shu jumladan suv o'tlari) CO2 dan fotosintez uchun xom ashyo sifatida foydalanadi, bu kislorod va organik birikmalarni, shu jumladan to'qimalarni o'sish va tiklash uchun hosil qiladi. Oʻsimliklar va boshqa fotosintetik organizmlar uglerodni hujayralari va toʻqimalariga yoʻnaltirish uchun CO2 ni tabiiy ravishda olib tashlasa-da, sanoat korxonalari va mahalliy hamjamiyatlar{4}}yoʻnaltirilgan daraxt ekish harakatlari bu jarayonga yordam beradi. Evropa atrof-muhit agentligi ma'lumotlariga ko'ra, bitta etuk daraxt yiliga atmosferadan taxminan 22 kg (48 funt) CO2 ni tortib olishi mumkin, bu 45 yil ichida deyarli 1 metrik tonnaga (1,1 qisqa tonna) teng bo'lishi mumkin. Quruqlikdagi o'simliklar va quruqlikdagi o'simliklarning boshqa shakllari nobud bo'lganda, ular parchalanadi, bu organizmlar butun umri davomida sekvestrlangan CO2 ning katta qismini chiqaradi. Bu muammoning oldini olishning usullaridan biri bu yog‘och to‘nkalar-ya’ni qurigan daraxtlar va boshqa o‘lik o‘simliklarni loy qatlami ostiga ko‘mish, bu parchalanishda ishtirok etuvchi mikroorganizmlarning rivojlanishiga to‘sqinlik qiladi; Ba'zi tadqiqotlarga ko'ra, katta hajmdagi yog'ochni to'plash bilan bog'liq bo'lgan uglerod ajralish-har yili ishlab chiqariladigan uglerod chiqindilarining uchdan bir qismini qoplashi mumkin.
Okeanlarda fitoplanktonlar Yerning asosiy ishlab chiqaruvchi biomassasining 1-2 foizini tashkil etsa-da, ular sayyoradagi umumiy uglerod fiksatsiyasining taxminan 40 foizini tashkil qiladi. Fitoplankton shuningdek, inson faoliyati natijasida hosil bo'ladigan yillik uglerod chiqindilarining 30 foizini o'zlashtiradi va ular quruqlikdagi o'simliklardan farqli o'laroq, hayotlari davomida o'zlashtirgan uglerodni o'zlari bilan olib, o'lganlarida okean tubiga cho'kadilar. Parchalanish okeanlarda ham sodir bo'lsa-da, u quruqlikka qaraganda sekinroq sur'atda davom etadi va fitoplankton tanalaridagi uglerod atmosferaga etib borishidan samarali tarzda saqlanadi. 1000 metrdan (taxminan 3280 fut) pastroq okeanga tushgan uglerod oxir-oqibat ozuqa moddalari yoki erigan gazlar sifatida sirtga qaytadi, bu jarayon yuzlab yillar davom etadi.
